Glosario · Técnicas de laboratorio
Metagenómica clínica
En una frase
La metagenómica clínica (mNGS) es la secuenciación no dirigida del material genético de una muestra de un paciente para detectar bacterias, virus, hongos o parásitos sin elegir de antemano qué patógeno buscar. Complementa al cultivo y al antibiograma; no los sustituye.
También se llama: mNGS · secuenciación metagenómica clínica · metagenómica diagnóstica · clinical metagenomics · secuenciación metagenómica de nueva generación
¿Qué es la metagenómica clínica?
Es la aplicación diagnóstica de la metagenómica shotgun. En lugar de pedir una prueba para cada sospecha (un cultivo, una PCR concreta, una serología), se secuencia todo el material genético de la muestra y se busca qué microorganismos aparecen. Chiu y Miller la revisaron en Nature Reviews Genetics (2019) y destacaron su utilidad en infecciones de causa desconocida, junto con los retos que plantea en el laboratorio clínico: contaminación, interpretación, bases de datos y predicción de la sensibilidad a antibióticos.
Cómo funciona
- Se extrae ADN (y, según el ensayo, ARN) de la muestra: sangre, líquido cefalorraquídeo, orina, lavado broncoalveolar, tejido…
- A menudo se reduce el ADN humano, que es mayoritario, para enriquecer la señal microbiana.
- Se secuencia por NGS, con lecturas cortas o con secuenciación Nanopore.
- La bioinformática clasifica las lecturas, las compara con controles negativos y aplica umbrales para informar solo lo relevante.
Qué dice la evidencia
En un estudio prospectivo publicado en The New England Journal of Medicine (Wilson et al., 2019) con 204 pacientes con meningitis o encefalitis, la mNGS del líquido cefalorraquídeo identificó 13 de las 58 infecciones diagnosticadas (22 %) que las pruebas habituales del hospital no habían detectado, y en 8 casos el resultado tuvo probable impacto clínico. A la vez, la mNGS no detectó todas las infecciones identificadas por otros métodos: por eso se plantea como herramienta adicional.
Limitaciones
- Sensibilidad variable: depende de la carga microbiana, del ADN humano y de la profundidad; un negativo no descarta infección.
- Contaminación y flora: en muestras de baja carga, el ADN de reactivos o de la piel puede aparecer en el informe.
- ADN no es viabilidad: se puede detectar material de microorganismos ya tratados o muertos.
- Resistencias: los genes de resistencia antimicrobiana detectados no equivalen a un antibiograma, que sigue siendo necesario.
Ejemplo
Una paciente inmunodeprimida ingresada con fiebre persistente tiene hemocultivos negativos tras haber recibido antibióticos. El equipo, que sigue con el estudio convencional, solicita además un análisis metagenómico en sangre. El informe detecta ADN de un hongo que no se había buscado específicamente; los clínicos lo confirman con otras pruebas antes de ajustar el tratamiento.
Metagenómica clínica en Xenogene
Los paneles AMC de Xenogene aplican secuenciación metagenómica con nanoporos a distintas muestras. El AMC en Sangre busca bacterias, virus, hongos, parásitos y micobacterias en sangre venosa, junto con genes de resistencia y virulencia, y está orientado a contextos como sepsis, bacteriemia en inmunodeprimidos o fiebre de origen desconocido. Su ficha recuerda que la ausencia de detección no excluye infección, que hay que considerar posibles contaminaciones y que la interpretación corresponde al equipo clínico.
Preguntas frecuentes
¿La metagenómica sustituye al cultivo?
No. El cultivo aísla el microorganismo vivo y permite hacer un antibiograma, que mide su sensibilidad real a los antibióticos. La metagenómica puede detectar patógenos difíciles de cultivar o tras antibióticos, pero se usa como complemento y sus hallazgos se valoran junto con el cultivo y la clínica.
¿La metagenómica clínica detecta resistencias a antibióticos?
Puede detectar genes asociados a resistencia, pero tener el gen no siempre implica que el microorganismo sea resistente, y no tenerlo no asegura sensibilidad. Además, en una muestra con varios microorganismos no siempre se sabe a cuál pertenece el gen. El antibiograma sigue siendo la referencia.
¿Un resultado positivo significa que hay una infección?
No necesariamente. La técnica detecta ADN o ARN, que puede proceder de microorganismos muertos, de la piel, de la flora habitual o de contaminación de reactivos. El profesional valora si el hallazgo encaja con la clínica y si conviene confirmarlo con otra prueba.
Términos relacionados
- Metagenómica shotgun
La metagenómica shotgun secuencia de forma no dirigida todo el ADN de una muestra, sin amplificar un gen concreto. Permite identificar bacterias, virus de ADN, hongos y parásitos, a menudo hasta especie, y estudiar sus genes funcionales y de resistencia.
- Hemocultivo
El hemocultivo es el cultivo de una muestra de sangre en frascos con medio nutritivo para detectar si hay bacterias u hongos vivos en el torrente sanguíneo. Si crecen, se identifican y se estudia su sensibilidad a los antibióticos con un antibiograma.
- Secuenciación Nanopore
La secuenciación Nanopore es una técnica de tercera generación que lee moléculas individuales de ADN o ARN al hacerlas pasar por un poro de tamaño nanométrico, midiendo los cambios de corriente eléctrica. Produce lecturas largas y datos en tiempo real.
- Resistencia antimicrobiana
La resistencia antimicrobiana es la capacidad de bacterias, virus, hongos o parásitos de dejar de responder a los fármacos que antes los controlaban, de modo que las infecciones se vuelven más difíciles de tratar.
- Sepsis
La sepsis es una disfunción orgánica potencialmente mortal causada por una respuesta desregulada del organismo frente a una infección (definición Sepsis-3, 2016). Es una urgencia médica que requiere tratamiento inmediato.
Contenido divulgativo para profesionales sanitarios y público general. No sustituye la valoración de un profesional sanitario: la indicación e interpretación de cualquier prueba corresponde al profesional que la solicita.
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