ClinVar

¿Qué es ClinVar?

ClinVar es un archivo público mantenido por el NCBI (National Center for Biotechnology Information), dependiente de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de Estados Unidos. Recoge, de forma gratuita y abierta, las afirmaciones que laboratorios clínicos, grupos de investigación y paneles de expertos envían sobre el significado clínico de variantes genéticas humanas. Landrum y colaboradores describieron el recurso en Nucleic Acids Research (artículo publicado en línea a finales de 2013).

ClinVar no genera clasificaciones propias: agrega las de sus remitentes y muestra si coinciden o no.

Cómo funciona

Cada envío vincula una variante con una enfermedad o fenotipo y una clasificación, habitualmente en las cinco categorías de los criterios ACMG: patogénica, probablemente patogénica, de significado incierto (VUS), probablemente benigna y benigna.

Para cada variante, ClinVar ofrece:

• Clasificación agregada: la síntesis de todos los envíos. Si discrepan, aparece como «interpretaciones contradictorias».
• Estado de revisión (estrellas, de 0 a 4): indica cuánto respaldo tiene la clasificación. Una variante con un solo remitente sin criterios aportados tiene pocas estrellas; las puntuaciones más altas (3 y 4) corresponden a variantes revisadas por un panel de expertos reconocido o recogidas en una guía de práctica clínica.
• Evidencia y fecha de cada envío, útiles porque las clasificaciones cambian con el tiempo.

Cómo usarlo con prudencia

• Una clasificación con pocas estrellas o antigua puede estar desactualizada.
• Las discrepancias suelen afectar a variantes de significado incierto.
• La patogenicidad se refiere a una enfermedad concreta: la misma variante puede tener otra relevancia en otro contexto.
• ClinVar es una fuente de evidencia más, no un informe diagnóstico.

Ejemplo

Un laboratorio de genética encuentra en el exoma de un paciente una variante de cambio de sentido en un gen asociado a miocardiopatía. En ClinVar figura con dos envíos: uno la clasifica como VUS y otro como probablemente patogénica, con estado de una estrella. El genetista consulta la evidencia de cada remitente, aplica los criterios ACMG con los datos del paciente y de la familia y, en el informe, la mantiene como VUS, recomendando estudio de segregación familiar.

ClinVar en Xenogene

Conviene no confundir dos cosas que se llaman igual. ClinVar es la base de datos pública del NCBI descrita en este artículo. Clinvar es también el nombre de la plataforma de interpretación de variantes genéticas de Xenogene, un servicio distinto e independiente de la base pública.

Según su ficha, la plataforma Clinvar de Xenogene clasifica variantes según los criterios ACMG/AMP y se actualiza con bases de datos de patogenicidad: entre las fuentes que consulta figuran la propia base ClinVar del NCBI, dbSNP, gnomAD, HGMD y OMIM, junto con herramientas de anotación y algoritmos predictivos. Es decir, la base pública es una de las fuentes que la plataforma utiliza, no el producto en sí. La interpretación final de cada variante corresponde al profesional que solicita el estudio.