Glosario · Bioinformática
Abundancia relativa
En una frase
La abundancia relativa es la proporción que representa un microorganismo sobre el total detectado en una muestra, expresada normalmente en porcentaje. Indica su peso dentro de la comunidad, no su cantidad absoluta.
También se llama: abundancias relativas · abundancia relativa bacteriana · proporción relativa de taxones
¿Qué es la abundancia relativa?
En un análisis de microbiota por secuenciación, la máquina no cuenta bacterias: genera millones de lecturas de ADN que después se asignan a taxones. La abundancia relativa expresa cuántas de esas lecturas corresponden a cada microorganismo respecto al total. Es la forma más habitual de presentar la composición de una comunidad microbiana en un informe.
Cómo se calcula
De forma simplificada:
abundancia relativa del taxón = lecturas asignadas al taxón ÷ lecturas asignadas totales × 100
La suma de todos los taxones da el 100 %. Detrás de esa cifra hay decisiones técnicas que la condicionan:
- Técnica: en la secuenciación del 16S influyen el número de copias del gen en cada bacteria y los sesgos de amplificación; en la metagenómica shotgun, el tamaño del genoma y la base de datos de referencia.
- Nivel taxonómico: no es lo mismo el porcentaje de un filo que el de una especie.
- Extracción del ADN: algunas bacterias de pared gruesa se lisan peor y quedan infrarrepresentadas.
Limitaciones: datos composicionales
Como todos los porcentajes suman 100, los datos son composicionales: si una bacteria se multiplica, las demás bajan en porcentaje aunque su cantidad real no cambie. Gloor y colaboradores lo resumieron en Frontiers in Microbiology (2017) con un título explícito: los conjuntos de datos de microbioma son composicionales y tenerlo en cuenta «no es opcional». Por eso:
- Un aumento relativo no demuestra que un microorganismo haya crecido en términos absolutos.
- Las correlaciones entre taxones calculadas sobre porcentajes pueden ser engañosas.
- Para conocer la carga real hacen falta métodos de cuantificación absoluta (por ejemplo, qPCR o estándares internos).
La abundancia relativa también es la base de índices como el de Shannon y de distancias de diversidad beta como Bray-Curtis.
Ejemplo
Un informe muestra que Bacteroides representa el 40 % de las lecturas y Faecalibacterium prausnitzii el 3 %. Meses después, tras un cambio de dieta, Bacteroides baja al 25 % y F. prausnitzii sube al 6 %. El profesional que lo revisa sabe que el segundo dato puede reflejar un aumento real de F. prausnitzii, una disminución de otros grupos o ambas cosas, y lo interpreta con prudencia junto con los síntomas.
Abundancia relativa en Xenogene
En el test Microbiota Esencial, según su ficha, el informe presenta la abundancia relativa como el porcentaje de cada una de las 150 especies clave analizadas, junto con la diversidad alfa y beta, índices de disbiosis y perfiles funcionales. La ficha recuerda que los resultados deben interpretarse en conjunto con la historia clínica, algo que corresponde al profesional que solicita la prueba.
Preguntas frecuentes
¿Qué significa la abundancia relativa en un test de microbiota?
Es el porcentaje que representa cada microorganismo sobre el total de lecturas asignadas en la muestra. Por ejemplo, un 5 % de una bacteria significa que 5 de cada 100 lecturas identificadas corresponden a ella.
¿Qué diferencia hay entre abundancia relativa y absoluta?
La relativa es una proporción; la absoluta estima la cantidad real, por ejemplo células o copias por gramo de heces. Si un grupo de bacterias disminuye, los demás pueden aumentar en porcentaje aunque su cantidad real no haya cambiado.
¿Una abundancia relativa alta de un patógeno significa infección?
No necesariamente. La señal de secuenciación no equivale a microorganismos viables ni demuestra causalidad. La interpretación depende de la clínica, del tipo de muestra y de otras pruebas, y corresponde al profesional.
Términos relacionados
- Diversidad alfa y beta
La diversidad alfa mide la variedad de microorganismos dentro de una muestra (cuántos tipos hay y cómo se reparten); la diversidad beta mide cuánto se diferencian dos o más muestras entre sí.
- Índice de Shannon
El índice de Shannon es una medida de diversidad alfa que combina cuántos tipos de microorganismos hay en una muestra y lo equilibrada que es su distribución: cuanto más alto, más diversa es la comunidad.
- OTU y ASV
Las OTU (unidades taxonómicas operativas) agrupan secuencias de ADN parecidas, normalmente al 97 % de identidad; las ASV (variantes de secuencia de amplicón) son secuencias exactas, distinguibles incluso por un solo nucleótido.
- Metagenómica shotgun
La metagenómica shotgun secuencia de forma no dirigida todo el ADN de una muestra, sin amplificar un gen concreto. Permite identificar bacterias, virus de ADN, hongos y parásitos, a menudo hasta especie, y estudiar sus genes funcionales y de resistencia.
- Microbiota
La microbiota es la comunidad de microorganismos vivos (bacterias, arqueas, hongos, protozoos) que habita un lugar concreto del cuerpo, como el intestino, la boca, la piel o la vagina.
Contenido divulgativo para profesionales sanitarios y público general. No sustituye la valoración de un profesional sanitario: la indicación e interpretación de cualquier prueba corresponde al profesional que la solicita.
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